Tất cả chuyến từ sân bay Narita (Tokyo) bị hủy ít nhất là tới sáng 13/10. Các chuyến tàu điện ngầm qua lại giữa Tokyo, Nagoya và Osaka cũng ngừng hoạt động từ 12/10.
Theo chia sẻ của một số du khách Việt bị kẹt lại ở sân bay Narita, từ 12/10 các hàng quán ở sân bay đã đóng cửa gần hết, chỉ còn vài tiệm ăn mở. Đến khoảng 17h cùng ngày, hệ thống loa ở sân bay thông báo phát túi ngủ và thực phẩm cho hành khách bị mắc kẹt. Hàng trăm người xếp thành hàng ngay ngắn để nhận nước, lương khô. Trong số đó có khoảng 30-40 người Việt Nam.
Vào thứ bảy ngày 14/10/2019, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã đưa ra cảnh báo cấp 5, mức cao nhất, cho siêu bão Hagibis và kêu gọi 45 triệu dân cư ở tỉnh Tokyo, Kanagawa, Saitama, Gunma, Yamanashi và Nagano tìm nơi sơ tán.
Đến sáng chủ nhật, Chính phủ đã dỡ bỏ cảnh báo mưa lũ cho khu vực Kanto xung quanh Tokyo. Tuy nhiên, những cảnh báo mưa lũ mới được thông báo cho những khu vực xa hơn về phía bắc sau khi siêu bão Hagibis quét qua thủ đô.
Theo thông tin từ Đài truyền hình NHK, cho đến hiện tại đã có 7 người thiệt mạng. Trong số đó có một người đàn ông khoảng 60 tuổi được tìm thấy trong một căn hộ ngập lụt. 17 người đang mất tích, khoảng 80 người bị thương và hơn 270.000 hộ gia đình bị mất điện.
Hiện nay, sự chú ý đang đổ dồn vào Fukushima, nơi có nhà máy điện hạt nhân Fukushima vốn từng bị tê liệt trong trận động đất và sóng thần năm 2011. Công ty Điện lực Tokyo đêm qua đã báo cáo có những bất thường từ các cảm biến theo dõi nguồn nước ở thành phố này.