Tên Patagonia bắt nguồn từ tên patagon, cái tên được nhà thám hiểm nổi tiếng Ferdinand Magellan mô tả về những người bản xứ mà đoàn viễn chinh của ông tưởng nhầm là những người khổng lồ. Phần Patagonia thuộc Argentina bao gồm các tỉnh Neuquén, Río Negro, Chubut và Santa Cruz, phần phía Đông quần đảo Tierra del Fuego.
Phần Patagonia thuộc Chile bao gồm phần phía Nam của Valdivia, Los Lagos ở hồ Llanquihue, Chiloé, Puerto Montt, khu vực khảo cổ của Monte Verde, các vịnh nhỏ và quần đảo phía nam của Aisén và Magallanes, bao gồm phần phía tây của Tierra del Fuego và Cape Horn. Chính khu vực này xuất hiện rất nhiều động vật hoang dã quý hiếm sinh sống.
Báo sư tử
Báo sư tử là một loài động vật trong họ mèo, sinh sống nhiều ở các khu vực Bắc Mỹ, Trung Mỹ và Nam Mỹ. Trong các tên của loài vật này theo ngôn ngữ địa phương còn là: báo cu-ga, sư tử núi, báo núi hay mèo sơn. Riêng ở vùng Patagonia, báo sư tử xuất hiện nhiều nhất tại khu vực Diego Araya.
Ngựa hoang Bagual
Ở thung lũng Torres del Paine của vùng Patagonia, đàn ngựa hoang Bagual lên đến hơn 100 con. Chúng tụ tập thành bầy đàn để sinh tồn, bảo vệ lẫn nhau, chống lại nanh vuốt của báo sư tử. Đến với Patagonia, du khách có thể trải nghiệm cùng với các nhà khoa học hoặc các Hướng dẫn viên địa phương để tìm hiểu kỹ hơn về đời sống của loại thú hoang dã quý hiếm này.
Chim cánh cụt Magellanic
Đảo Magdalena thuộc vùng Patagonia là nơi sinh sống của khoảng 120.000 chú chim cánh cụt Magellanic. Chúng thường làm tổ trong khoảng thời gian từ giữa tháng 9 đến đầu tháng 3 năm sau. Quãng thời gian sinh sản của chim cánh cụt Magellanic rơi vào tháng Giêng.
Trên thế giới, chim cánh cụt Magellan sống ở vùng ven biển Argentina, Chile và quần đảo Falkland và một số di cư tới Brazil. Chim cánh cụt Magellan là loài chim cánh cụt có kích thước vừa, cao từ 61 cm đến 76 cm và cân nặng từ 2,7 kg đến 6,5 kg. Con trưởng thành có lưng màu đen và bụng màu trắng, có hai dải màu đen giữa đầu và ngực với dải dưới định hình cái móng ngựa ngược.
Chim cánh cụt Magellan non có lưng màu xám xanh, với một màu xanh xám nhạt dần trên ngực. Chúng có thể sống đến 25 năm trong tự nhiên và hơn 30 năm trong điều kiện nuôi nhốt.
Chồn hôi mũi lợn Humboldt
Chồn hôi mũi lợn Humboldt là một loài chồn hôi mũi lợn bản địa của các khu vực cây cỏ mở trong vùng Patagonia. Chồn hôi mũi lợn Humboldt chủ yếu ăn côn trùng, nhưng chúng cũng ăn cả động vật có xương, chẳng hạn như động vật gặm nhấm và xác thối vào mùa đông, khi côn trùng ít xuất hiện. Loài vật này rất nhanh và du khách nên mang theo ống nhòm chuyên dụng để quan sát chúng kỹ hơn.
Lạc đà Guanaco
Lạc đà Guanaco là một loài động vật thuộc họ lạc đà gốc Nam Mỹ, có chiều cao đến vai khoảng 107 đến 122 cm và cân nặng khoảng 90 kg. Mặc sắc cơ thể của chúng biến đổi rất ít (khác với loài Lạc đà không bướu), từ màu nâu nhạt cho đến màu quế sẫm và ở bụng thì có màu trắng. Lạc đà Guanaco có mặt màu xám và tai thẳng nhỏ. Cái tên gốc guanaco bắt nguồn từ wanaku (trước đây phát âm là huanaco) trong tiếng Quechua, một ngôn ngữ cổ ở Nam Mỹ.