Năm 1990, Chùa Cầu được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa (của quốc gia). Năm 1999, UNESCO ghi tên đô thị cổ Hội An vào Danh mục Di sản văn hóa thế giới, Chùa Cầu là một trong những di tích quan trọng hợp thành di sản văn hóa thế giới này. Hình ảnh Chùa Cầu còn được in trên giấy bạc mệnh giá 20.000 đồng trong hệ thống tiền tệ hiện hành ở Việt Nam.
Hơn 4 thế kỷ tồn tại, công trình kiến trúc này đã bị xuống cấp, hư hỏng nghiêm trọng và đã trải qua 7 lần tu bổ, trùng tu. Lần trùng tu quan trọng nhất khởi sự từ ngày 28/12/2022, với tổng vốn đầu tư là 20,2 tỉ đồng, từ ngân sách của TP. Hội An và của tỉnh Quảng Nam.
Theo dự kiến, đến ngày 3/8/2024, TP. Hội An sẽ khánh thành công trình trùng tu Chùa Cầu nhân Tuần văn hóa Việt - Nhật lần thứ 20 diễn ra ở Hội An.
Đến nay, phần di tích chính đã tu bổ xong, đơn vị thi công cho tháo dỡ toàn bộ nhà bao che xung quanh; chỉ còn một số hạng mục phụ như lát gạch, tạo cảnh quan xung quanh…
Vài ngày qua, khi toàn bộ mái che được tháo dỡ, di tích Chùa Cầu đã lộ diện cho người dân và du khách chiêm ngưỡng. Có thể dễ dàng nhận thấy di tích Chùa Cầu sau khi tu bổ trở nên mới mẻ, sáng hơn bởi màu sơn, màu mái ngói và họa tiết trên mái ngói hay các ký tự, dòng chữ viết được sơn quét lại. Tuy vậy, di tích này lại kém phần cổ kính so với trước đây.
Ngói của Chùa Cầu được lợp xen lẫn giữa ngói cũ và ngói mới nhưng vẫn giữ được nét hài hòa. Phần trụ cột di tích gần như còn nguyên sơ như vốn có trước khi tu bổ. Bên trong di tích, một số khung gỗ hư hỏng, mục ruỗng trước đó đã được thay mới hoàn toàn. Một số trụ gỗ được chắp nối bằng đoạn gỗ mới. Văn bia và ký tự trên văn bia được sơn quét lại. Kết cấu mặt sàn được làm nhô cong hình vòng cung.
Tuy nhiên, trong mấy ngày cuối tháng 7/2024, khi hệ thống nhà bao che phục vụ công tác trùng tu Chùa Cầu được tháo dỡ, xuất lộ di tích này sau gần 2 năm đại trùng tu, với diện mạo khác, trên mạng xã hội có nhiều ý kiến trái chiều.
Nhiều người dân và du khách nói rằng di tích Chùa Cầu sau khi tu bổ cơ bản còn giữ được các yếu tố nguyên gốc, vẫn giữ được phần hồn như vốn có, diện mạo mới trông khá đẹp. Dù vậy, một số ý kiến cho rằng phần thân và mái ngói được sơn quét mới làm cho di tích trở nên hơi khác lạ, hiện đại hơn so với trước đây. Những ý kiến này chủ yếu chê bai và cho rằng Chùa Cầu đã trùng tu sai, đã bị “trẻ hóa” và việc này đã phá hỏng một “biểu tượng của Hội An”, di sản văn hóa của nhân loại…